Baseado no show de cartuns de mesmo nome, Attack of the Killer Tomatoes coloca o jovem Chad Finletter em uma jornada para superar os maus tomates mutantes e impedir que o louco Dr. Putrid T. Gangreen solte seu Doomsday Tomato. Com todos os cidadãos de San Zucchini apavorados com as verduras presas dos esgotos, Chad estará sozinho para enfrentar o flagelo do tomate. O médico não o leva de leve, no entanto, e enviou seu esquadrão especial de tomate, Zoltan, Beefstake, Mummato, Fang, Ketchuck e Tomacho, para detê-lo. O jogo é um jogo de salto de plataforma de rolagem lateral, onde o principal método de parar os tomates assassinos é pular sobre eles. A partir disso, eles se espalham, fogem ou se transformam em pedaços menores de tomate. Existem power-ups de energia para reabastecer a saúde do Chade.