A versão de Mega Drive do Batman: The Video Game acompanha de perto o enredo do filme de 1989. O jogo consiste em seis fases, quatro de ação da plataforma de rolagem lateral e dois de tiro de rolagem lateral, na seguinte ordem: Gotham City Street, Axis Chemical Factory, Flugelheim Museum, Gotham City Street (com o Batmóvel e depois disso a pé), In the Sky over Gotham City (com o Batwing) e a Cathedral, onde o Batman finalmente enfrenta o Coringa. Batman pode vencer seus inimigos socando, dando rasteira (apertando o botão B) ou jogando seu Batarangue. Ao manter pressionado o botão B, o Batman bloqueará os ataques baseados em projéteis. Ele também pode usar seu salto duplo (apertando o botão C uma segunda vez enquanto se aproxima) para saltar distâncias maiores ou atacar seus inimigos. Para alcançar plataformas mais altas, Batman pode usar seu Arpão de Gancho (apertando pra cima e C para atirar, C novamente para escalar). Ao pilotar o Batmóvel ou o Batwing, o Batman pode atirar os Twin Vulcan Cannons (botão B) ou os Twin Homing Missiles (botão A). Através das fases, Batman pode coletar emblemas do Batman (o que lhe dará Batarangues ou Twin Homing Missiles, dependendo da fase jogada), Corações (que lhe dão saúde) e Máscaras do Batman (que lhe dão uma vida extra).