O Coringa vive novamente na sequência da SunSoft para o jogo original de NES. O Coringa de alguma forma conseguiu escapar do Asilo Arkham mais uma vez, e o Batman deve lutar contra ele em sete fases para restaurar a paz em Gotham City. Batman carrega uma luva de tiros básicas por padrão. Isso pode ser aprimorado com powerups de armas localizadas em caixas por toda a fases, dando acesso a armas teleguiadas e de energia. Todo aprimoramento de arma pode ser carregado para um ataque secundário, diferente para cada arma. Batman também tem um deslizamento útil contra a maioria dos inimigos e alguns chefões. Batalhas contra os chefões apresentam um sistema onde a vida é medida por pontos em vez de marcas ou barras. Nessas seções, Batman tem significativamente mais saúde, e pode levar muitos outros ataques quando enfrenta esses inimigos mais fortes. As fases incluem uma paisagem nevada, um trem em movimento, base militar e os esgotos. Duas fases exigem que você corra e evite explosões, enquanto os veículos continuam a mover em segundo plano. Algumas fases tem também o Batman ativando um jetpack e jogando através de um pequeno shooter de rolagem lateral. Este jogo é um dos poucos jogos do Batman que não foi baseado diretamente em um filme ou série de televisão.