Bubble and Squeak começa de forma semelhante a muitos outros jogos de plataforma. Controlando uma criança careca, você se move através de uma série de plataformas, evitando o contato com inimigos que liberam moedas quando atingidos. Há áreas escondidas para encontrar também. Na metade das primeiras 30 fases, você encontra Squeak e começa a natureza do jogo. Squeak é um alienígena azul, que também deve ser guiado pelas fases. Como ele não pode pular tão alto quanto você, às vezes ele deve ser instruído a esperar enquanto você aperta um interruptor ou, de outra forma, resolva o enigma de como orientá-lo. Se você ficar em cima do Squeak, você pode ser lançado em um salto extra-alto. O modo Bubble é equivalente ao modo Super Mario - permite que você pule mais alto, corra mais rápido e dispare armamento mais letal (bolhas neste caso). É ativado colocando uma moeda em uma máquina de chiclete e depois pulando nas costas do Squeak. Entre as fases de plataforma principal, há seções de shoot 'em up lateral que se realizam debaixo d'água - completá-las recebe bônus.