Cubby e Rubby, descendentes de Bub e Bob do Bubble Bobble original, devem resgatar sua amiga Judy, que foi sequestrada pelos malignos Skull Brothers! O jogo é parecido com o jogo original: você usa um dinossauro que cospe bolhas em seus inimigos, prendendo-os até tocar nas bolhas para fazê-las estourar e derrotar os inimigos presos. Mas Cubby e Rubby têm duas habilidades que seus ancestrais não possuíam: pressionando o botão de ataque, eles podem flutuar para cima - e, ao liberá-lo, disparam várias bolhas ao mesmo tempo. Eles também podem pegar itens especiais que aumentam seus pontos, velocidade e poder de ataque. Este jogo apresenta 80 níveis, novos inimigos e minijogos de bônus.