Crystalis é um RPG de ação de cima para baixo. A partir da câmara criogênica, o jogador assume o papel de um herói misterioso que deve descobrir o mistério da torre. O personagem pode equipar armas, armaduras, escudos e globos / pulseiras em seu corpo e um único item de seu inventário para uso em campo. Para ajudar no objetivo do herói. ele se encontrará com as quatro pessoas sábias e aprenderá sua magia, além de obter as quatro espadas elementares que o ajudarão a progredir. Os jogadores ganham experiência e ouro ao derrotar monstros. A experiência é usada para obter níveis e melhorar estatísticas, no entanto, é necessário um nível mínimo antes que se possa causar dano a chefes específicos. O ouro é usado para comprar itens nas lojas.