Neste jogo, que é uma continuação direta de Donkey Kong, Mario interpreta o vilão, tendo capturado Donkey Kong e o colocado em uma jaula. Como Donkey Kong Jr., os jogadores terão que percorrer quatro diferentes níveis (Vines, Springboard, Chains e Mario's Hideout) na tentativa de encontrar chaves para libertar o pai do pequeno macaco. Ao longo do caminho, Mario enviará Snapjaws, pássaros roxos e faíscas elétricas em uma tentativa de parar o resgate. Junior pode se defender jogando frutas encontradas pelo caminho nas cabeças de seus inimigos. Quanto mais inimigos um pedaço de fruta acertar em uma seqüência de queda, mais pontos serão ganhos. Júnior também pode evitar inimigos com mais facilidade, agarrando duas correntes ou cordas de cada vez para escapar mais rapidamente, ou saltando sobre seus inimigos. No entanto, qualquer queda alta ou na água em certos níveis significará a perder uma vida. Quando todos os quatro níveis forem superados, os níveis recomeçarão em uma dificuldade maior.