Ecco Jr. é um prequela de Ecco the Dolphin, ambientado durante sua infância. Juntamente com seus amigos Tara, a Baleia e Kitney, o Golfinho, Ecco procura a lendária baleia azul. Lançado após os dois principais jogos Ecco, este título é voltado para crianças mais novas com jogabilidade simplificada, sem a dificuldade dos outros jogos Ecco. O jogo também contém uma série de fatos educacionais sobre os golfinhos. Situado no mesmo mundo subaquático, os jogadores escolhem um dos três personagens para resolver uma série de desafios. Todos envolvem exploração inofensiva e resolução de pequenos quebra-cabeças sem inimigos ou jogabilidade violenta. Os personagens precisam usar suas habilidades para localizar animais, rebanhos de cavalos-marinhos, recuperar a bola perdida de um leão-marinho, nadar através dos anéis e localizar os glifos. Depois de concluir as principais tarefas, um glifo grande precisa ser localizado para terminar a fase. Os personagens podem ser trocados a qualquer momento durante o jogo, mas todos eles têm as mesmas habilidades. Um botão é usado para enviar um pulso de sonar para localizar itens enquanto outro estimula o animal. A maioria das fases leva menos de um minuto para ser concluída e há dezoito fases no total.