Agora você é Conrad, um agente em treinamento e o inventor de óculos especiais capazes de revelar a densidade das moléculas dos seres vivos. Com isto você pode diferenciar os humanos dos alienígenas. Mas os aliens não gostaram desta invenção. Você é sequestrado, passa por maus momentos e... "Quem sou eu? Que lugar é este?" Isso mesmo, sua memória foi apagada, e você está em um local completamente desconhecido com certeza apenas de que algo terrível está acontecendo. Mas antes do sequestro você havia gravado uma mensagem em um holocubo, que ligado a um aparelho reproduz uma imagem holográfica sua, explicando toda a situação. Agora você precisa enfrentar muitos perigos até descobrir tudo sobre o seu passado. Com identidades falsas, carros que voam, sistemas anti-gravidade e em busca de sua memória, começaram as emoções de Flashback! E pela primeira vez no Mega Drive são utilizados gráficos vetoriais, uma nova tecnologia aplicada nos vídeo games, que torna as animações e os movimentos ainda mais perfeitos!