Genghis Khan II: Clan of the Gray Wolf é um grande jogo 2D de estratégia em turnos, baseado na vida do histórico líder mongol Temudjin, mais conhecido como Genghis Khan. A jogabilidade é semelhante a outros grandes jogos de estratégia da Koei, como Romance of the Three Kingdoms ou Nobunaga's Ambition. O jogo tem vários cenários desde a Conquista da Mongólia (a unificação das tribos mongóis) até a Conquista Mundial (com até seis facções jogáveis). No mapa mundo/país (dividido em províncias menores) o jogador desenvolve suas próprias províncias, dá ordens a seus subordinados, estabelece alianças e recruta exércitos. As batalhas são apresentadas em um modo separado, onde o jogador direciona tropas usando comandos.