A história começou há muito, muito tempo atrás... O famoso Professor White Gunstar tomou-se o maior herói do Planeta Gunstar 9. Naquela época, um poderoso robô conhecido como Golden Silver estava arrasando o planeta. Mas o Professor conseguiu retirar dele as quatro Pedras Místicas, e expulsá-lo para uma lua distante. Muitos anos se passaram e tudo estava calmo. Mas um ditador chamado Coronel Red, imaginando que a família Gunstar saberia onde estão as pedras, seqüestrou o filho mais velho, Green, e está forçando-o a ser obediente! É aí que você entra na história. Como o filho do Professor, você deve deter o Coronel e impedi-lo de trazer de volta o terror de Golden Siver. Não será nada fácil, a luta será contra andróides e armas poderosas. Chame seus amigos e lute pra valer! Gunstar 9 conta com você!