Como Marco, Eri, Tarma ou Fio, você deve derrotar o malvado General Morden e seus capangas. Para fazer isso, você deve derrotar vários inimigos que ficam no seu caminho. Ao longo do jogo, você pode coletar novas armas, incluindo Heavy Machine Gun, Shot Gun, Rocket Launcher, Flame Shot, Laser Shot, Flame Bottles, and Armor Piercer. Também espalhados por todo o jogo, você pode andar em quatro veículos diferentes (conhecidos como Slugs), como o Metal Slug, Slug Flyer, SlugNoid e Camel Slug. Ao usar esses veículos, você pode causar uma destruição impressionante contra o exército maligno de Morden. Outros itens, como energia, munição extra e comida (coma demais e seu jogador ganhará peso) também são encontrados durante o jogo.