No primeiro jogo Uncharted Waters, era o século 15 e o Novo Mundo tinha sido descoberto. Agora, em New Horizons, é o início do século 16 e a era da exploração e comércio marítimo está em andamento. Os jogadores escolhem a partir de qualquer um dos seis aventureiros (cenários), cada um com seu próprio enredo distinto, mas entrelaçado, para embarcar em uma missão de navegação, marinharia e exploração. Os seis personagens são: 1. João Franco é filho do duque Leon Franco, o herói do primeiro jogo Uncharted Waters e um homem influente em Portugal. Seu pai quer transformá-lo em um homem forte e decide mandá-lo para o mar. O jovem João tem a tarefa de aprender as habilidades de marinheiro (ele é o único personagem que começa no nível um) e embarcar em uma missão de descoberta; chegando ao extremo oriente e eventualmente procurando o segredo da Atlântida. 2. Catalina Erantzo é uma oficial da marinha espanhola que acredita que seu amado e seu irmão foram assassinados pela armada portuguesa. Prometendo vingança, ela embarca em uma vida de pirataria e logo se torna uma ruiva praga dos mares. 3. Pietro Conti é um homem endividado, tendo herdado os problemas financeiros da família Conti. Quando a duquesa Franco o contrata para espionar seu filho, ele aceita o trabalho e obtém um navio. Pietro espera usar esses recursos para buscar um tesouro valioso e limpar a dívida de sua família. 4. Ernst Von Bohr é um geógrafo que dá aulas na Holanda. Ele anseia por sair da sala de aula e navegar pelos mares altos, vivendo uma vida de aventuras sobre a qual ele só leu em livros. Quando seu amigo, Mercator, se oferece a financiar sua viagem inicial em troca de informações sobre cartografia sobre o mundo, Ernst tem a oportunidade de viver seu sonho. 5. Ali Vezas é uma criança órfã pobre que vive em Istambul e serve outros. Ele sonha em se tornar seu próprio mestre e fazer sua própria fortuna em terras estrangeiras. Uma reviravolta do destino ajuda-o a conceder-lhe pequenos empréstimos, com os quais pode pagar o seu primeiro navio e navegar com uma carga cheia de mercadorias... 6. Otto Baynes se intitula um Cavaleiro Real do Império Britânico, a serviço de sua majestade o rei. Promovido ao almirante da frota britânica, o reino está preocupado com o aumento do poder naval das frotas espanholas. Otto recebe uma carta de marca do rei e é ordenado a aterrorizar a frota espanhola. Equipando-se a princípio, Otto se esforça para se tornar um grande corsário em nome do rei e do país. Independentemente do personagem escolhido, Uncharted Waters: New Horizons é uma simulação de navegação com perspectiva de cima para baixo. No mar, os jogadores controlam a direção de seu navio, onde a velocidade é afetada pelo número/saúde da tripulação, pelo vento e pelas correntes. Os jogadores podem navegar em qualquer lugar onde haja água (embora alguns navios não sejam próprios para o mar) e descobrir marcos interessantes e novos portos. Ao atracar em um porto, a vista também é de cima para baixo e o jogador pode entrar em prédios diferentes, cada um com serviços e mercadorias exclusivas. Estes incluem: a Pousada, a Loja de Itens, o Estaleiro, a Taverna, o Castelo, o Salão da Guilda, a Igreja, o Mercador e o Porto. Cabe ao jogador ganhar ouro suficiente para manter a tripulação alimentada e financiada e manter a frota reparada. Os métodos primários de ganhar dinheiro são através do comércio marítimo, aceitando empregos da guilda, apostando e batalhando com outros navios. Durante o combate naval, o jogo se torna um jogo de estratégia baseado em turnos, com o jogador movendo navios para obter trajetórias necessárias para disparar canhões em navios inimigos, ou correndo ao lado de navios inimigos para embarcar neles. Se o navio almirante do jogador atacar o navio almirante da frota inimiga, ele pode desafiar o oponente para um duelo. Se aceito, o jogo muda para uma visão lateral dos dois capitães envolvidos em uma briga. Durante esta sequência, o jogador só pode escolher qual manobra de luta (golpe, impulso, desvio, chicotada) deseja fazer.