O sistema estelar da Algo está em tempos difíceis ... Muitos milhares de anos atrás, o Sistema Algo Star era um sistema pacífico. Três planetas rodeavam a pacífica estrela do Algo e estavam em perfeita harmonia: Palma, um planeta verde exuberante, onde seus cidadãos dedicaram suas vidas às artes e às ciências. Motavia, um planeta deserto, habitado por humanos e Motavians nativos, e o enigmático Dezolis, um planeta gelado, onde os cidadãos eram tão desconhecidos quanto o próprio planeta. Infelizmente, a harmonia e o equilíbrio não durariam. Palma explodiu e, com isso, 90% da população de Algo morreu. Motavia tinha caído em condições horríveis a partir da explosão, transformando-se quase em um total terreno baldio. A escuridão espalhou sua mão sobre a terra ... Agora, 1.000 anos se passaram. Motavia tinha se curado um pouco, e a vida estava começando a voltar ao que era há milhares de anos atrás. A Guilda dos Caçadores em Motavia ajudou a manter as coisas estáveis. Mas agora, um mal escuro que uma vez pensou-se estar morto está começando a se mexer novamente, e o jovem Caçador, Chaz, está prestes a começar sua última aventura - e tudo começou com uma simples tarefa de rotina ... A jogabilidade da quarta entrada em Phantasy Star é semelhante ao da segunda parcela, compartilhando características notáveis, como a capacidade de equipar duas armas ao mesmo tempo, diferentes itens de cura para humanos e andróides, a maioria das "técnicas" (equivalente a magias em jogos comparáveis), etc. Como antes, o nivelamento e o aprendizado técnico são automáticos. Existem alguns segmentos no jogo com combate veicular, que seguem a mesma fórmula baseada em turnos das batalhas regulares. As missões secundárias estão presentes em forma de tarefas de caçador para Chaz e seus amigos.