Quake II tem lugar em um entorno de ciencia ficción. No jogo para um jogador, ou jogador asume ou papel de um marine llamado Bitterman que participa na "Operación Alien Overlord", um intento desesperado de proteger à Terra da invasão alienígena lanzando um contraataque em ou planeta casa do Strogg cibernético hostil. civilización. A mayoría dos otros soldados são capturados ou asesinados casi nada más entrar na atmósfera do planeta, por isso lhe tocà Bitterman penetrar solo na cidade capital de Strogg e finalmente asesinar ao líder de Strogg, Makron.