Mistério de Scooby-Doo é uma aventura de apontar e clicar com dois episódios jogáveis ??do típico desenho animado. Hotel Blake - Tio Blake de Daphne convidou a turma para o seu hotel para um fim de semana de esqui. Quando chegam ao hotel, descobrem que o fantasma do Ancient Chieftan está assustando todos os clientes, já que ele não está feliz com a construção de um hotel em seus cemitérios. Logo tio Blake é sequestrado, e cabe a Scooby e Salsicha encontrar pistas e caçar esse fantasma. Ha Ha Carnival - A turma chega a um carnaval quase deserto, à procura de diversão. Logo, Fred, Daphne e Velma estão presos em um lago quando saem em um dos passeios. Não só isso, alguém quebrou as trilhas da montanha-russa. Então, um palhaço fantasma do mal persegue Scooby e Salsicha durante todo o carnaval. Ambos os mistérios têm apenas Scooby e Salsicha, coletando pistas e juntando-se a eles. Você controla principalmente o Salsicha enquanto Scooby só faz companhia. A interface do jogo envolve andar e/ou escolher ações de um menu e usá-las com objetos. Um recurso de senha é fornecido para que você possa continuar de onde parou.