Baseado na primeira temporada da série de TV com o mesmo nome, seu personagem é um oficial da UEO: The United Earth Oceans Organization. Você inicia o jogo em uma simulação de treinamento, que após sua conclusão garante sua transferência para a equipe DSV da SeaQuest, onde será solicitado que você execute as mesmas tarefas. Sua função principal é navegar com o navio de imersão profunda SeaQuest em torno do mapa submarino para várias "áreas de missão", onde você será solicitado a usar os veículos a bordo para realizar alguma tarefa. Missões típicas incluem operações de resgate, desarmamento de explosivos submarinos, exterminação de inimigos e exploração. O dano à propriedade subaquática é deduzido do seu orçamento e a conclusão dos objetivos é concluída. O dinheiro deve ser usado para reabastecer armas e comprar veículos adicionais.