Sonic & Knuckles continua a história diretamente de onde Sonic the Hedgehog 3 parou. A explosão do Death Egg envia Sonic nas profundezas da Angel Island em Mushroom Hill. Sonic descobre que a Master Emerald está escondida em algum lugar na ilha e tem certeza de que o Dr. Robotnik a quer para que dê poder ilimitado ao seu Death Egg. Knuckles provavelmente sabe onde está - mas Sonic poderá parar os planos de Robotnik e encontrar a Master Emerald enquanto luta contra Knuckles? Enquanto isso, Knuckles está vigiando a ilha quando é atacado por um dos robôs de Robotnik! Ele rapidamente começa uma perseguição por vingança.