SYD of Valis é uma versão reformulada do jogo de plataforma de ação Valis II, com uma jogabilidade simplificada e um design gráfico "super deformado" e amigável para crianças. A jovem Yuko aparece trajada como estudante nessa aventura em SD (Super Deformed), mas é a verdadeira guerreira da saga Valis. A guerreira acaba ouvindo uma voz familiar convocando-a para novamente enfrentar o Imperador Megas no mundo de Dream World. O jogador conduz a heroína através de plataformas e a missão é disparar tiros mágicos. Yuko consegue "trocar de roupa", habilitando novas opções em seus atributos de combate.