April O'Neil, a amiga repórter das Tartarugas Ninja, é sequestrada pelo vilão Destruidor e seus dois capangas, Bebop e Rocksteady. As quatro tartarugas ninjas: Rafael, Michelangelo, Donatello e Leonardo abrem caminho por hordas de soldados de infantaria para resgatar April. Eles enfrentam inimigos conhecidos, como o cientista louco Baxter Stockman, o general Traag de Dimension X e o cérebro alienígena do mal Krang, até o confronto final com o próprio Destruidor. Teenage Mutant Ninja Turtles: The Arcade Game é portado do popular jogo de arcade feito pela Konami durante o auge da popularidade da série de desenhos animados. Dependendo da versão do jogo, até dois, três ou quatro jogadores podem participar da ação. O jogo parece como um Double Dragon simplificado. Enquanto a maioria dos inimigos padrão do Foot Soldier são facilmente despachados, alguns atacam com facas ou armas de raios e, portanto, são mais perigosos. No final de cada nível, os jogadores encontram um chefe (ou, em certos casos, dois chefes trabalhando em conjunto, como Bebop e Rocksteady).