Há 18 anos o planeta Nebula foi atacado pelo Sistema da Estrela Solitária, arqui inimiga da Federação Interplanetária. A população foi dizimada e os poucos sobreviventes juraram proteger o futuro do planeta, custe o que custar! Chegou a hora de mostrar que estavam falando sério! Plealos, a nave mãe da esquadra do Sistema, está de sobre aviso no espaço-porto de Nebula, pronta para destruir tudo que não puder deter. Você é Ryder Jupiter, conhecido como o às da Federação. A única pessoa em que você confia é Diana Rean, e vocês se unem contra o tirano Reficul, Imperador da Estrela Solitária. Somente Thunder Force II pode acabar com os planos de dominação de Nebula. Pilote o super jato pela superfície do planeta até a Fortaleza Plealos, para o confronto final, onde você poderá usar uma bomba tão terrível que não deixa nada para trás, a não ser memórias... Vá em frente bravo guerreiro, e liberte a Federação das mãos do maligno Reficul.