O ditador, general Don Gwano, atacou seus países vizinhos com seu exército e marinha. Para parar o ditador, o almirante Cliff Stormdrane sugere usar o melhor piloto para realiar um ataque as forças de Don Gwano. O jogo apresenta três diferentes modelos de aeronave; FA-18 Hornet, AV-8 Harrier e F-14 Tomcat. O jogo apresenta vários tipos de mísseis e bombas para os aviões usarem, incluindo o arpão, o ASRAAM, o rockeye, a sea eagle e o maverick. O Ultimate Air Combat tem 36 missões diferentes, depois uma última missão final. Cada missão é agrupada em duas partes. A primeira parte usa uma visão da cabine, onde o jogador deve abater três aviões antes de ficar sem combustível ou ser abatido pelos aviões inimigos. Depois disso, a segunda metade da missão usa uma visão isométrica, onde o jogador deve destruir as forças e instalações inimigas.