Wonder Boy III: Monster Lair é um jogo completamente diferente da maioria dos jogos da série Wonder Boy. Você é um cara de cabelos verdes que deve atacar os invasores que tentam coletar armas e usá-las para destruir a terra. O jogo começa como um simples jogo de plataforma, mas é justamente quando Wonder Boy entra no crânio mais adiante que o jogo é transformado em shoot'em up, então basicamente a jogabilidade consiste em cenas de ação e de shooter. Nas cenas de ação, sua vitalidade diminui à medida que você se aproxima do crânio, mas isso pode ser restaurado com a coleta de frutas. Uma grande variedade de armas pode ser escolhida, e isso não apenas permite que você use as armas por um período limitado de tempo, mas elas também aumentam sua vitalidade. Nas cenas de tiro, você monta seu amigo cor-de-rosa enquanto faz o seu caminho através da cena. Aqui, sua vitalidade permanece estática, a menos que você seja atingido por um inimigo que esteja passando. Como de costume, há um chefe esperando por você no final que você deve derrotar. Cada chefe muda de cor para mostrar quanto dano foi causado a ela. Você tem que derrotar alguns chefes em dois estágios. Se a sua vitalidade ficar baixa em cada cena, você perderá uma vida. Você também pode escolher que a Wonder Girl se junte a você, pois dois jogadores podem jogar o jogo.