Ocarina of Time é um jogo de ação e aventura com elementos de RPG e quebra-cabeça disposto num vasto ambiente. O jogador controla Link, o protagonista da série, a partir de uma perspectiva de terceira-pessoa em um mundo tridimensional. Link combate principalmente com espada e escudo, mas também pode usar outras armas, como projéteis, bombas e magia. O esquema de controle introduziu técnicas como ações sensíveis ao contexto e um sistema de mira denominado "mira-Z", a qual permite que o jogador mantenha o foco de Link fixo em inimigos ou objetos. Ao se usar essa técnica, a câmera segue o alvo e Link o defronta continuamente. Ataques com projéteis são automaticamente direcionados ao alvo e não requerem mira manual. Ações sensíveis ao contexto permitem que múltiplas tarefas sejam alocadas em um botão, simplificando o esquema de controle. Na tela de jogo é exibido o que ocorrerá ao se pressionar o botão, mudando de acordo com o que o personagem executa. Por exemplo, o mesmo botão que faz com que Link empurre uma caixa se ele estiver parado defronte a ela, fá-lo-á escalar essa caixa, caso a alavanca do controle seja movida em sua direção. Muito do jogo se passa em batalhas, mas algumas partes requerem furtividade. Exploração é outra característica importante da jogabilidade; algumas áreas inicialmente inacessíveis tornam-se exploráveis quando o jogador retorna após obter um novo item, como a bomba, para explodir paredes; o gancho, para alcançar locais distantes etc. Durante o jogo, Link coleta itens e armas, cujas habilidades permitem-no acessar, percorrer e completar calabouços para avançar a história. Cada calabouço é uma área densa e independente na qual Link resolve quebra-cabeças e derrota inimigos, terminando na batalha com o chefe do calabouço, um inimigo poderoso e único. Cada calabouço e seu respectivo chefe partilham de um item principal e um tema em comum; por exemplo, Link deve usar o Arco da Fada para completar o Templo da Floresta e derrotar seu chefe, o Ganon Fantasma, ambos os quais envolvem artimanhas e descaminhos. Derrotar um chefe do calabouço concede a Link um item especial e avança a demanda principal.