O poderoso bio-computador do Compond X começou a funcionar mal e o "X-Tra", também conhecido como sistema externo de reconhecimento de ameaças, está disparando contra qualquer coisa que se mova. Na verdade, o computador acessou os sistemas de contagem regressiva de armas nucleares do país para um ataque retaliatório. Uma vez que a guerra nuclear pode X-tinguish a vida no planeta, o jogador deve entrar na zona X-Termination do complexo e lutar através das defesas para o computador central. X-Zone é um jogo de tiro em primeira pessoa. O jogador deve atirar os inimigos robóticos na tela e os projéteis que eles lançam no jogador. A maioria dos níveis termina com uma batalha contra um chefe, que segue padrões específicos e cujos sistemas / armas devem ser disparados e destruídos individualmente.