Xardion conta a história de 3 planetas em guerra que abrigam 3 raças alienígenas distintas. Sua luta é interrompida pela ameaça de invasão de uma raça alienígena muito mais potente. Os três planetas descobrem que são capazes de deixar de lado suas diferenças por tempo suficiente para combater sua ameaça compartilhada. Cada planeta envia um guerreiro para lidar com a ameaça. Existe um robô chamado Triton, um quadrúpede felino chamado Panthera e um gigante alienígena bípede vermelho chamado Alcedes. O único jogador do jogo controla um desses personagens de cada vez e pode alternar a qualquer momento. Se o personagem atual perder toda a sua vida, o jogador é enviado de volta ao início do nível e esse personagem recebe um refil de vida. Cada personagem tem atributos especiais que ajudam a equipe. Por exemplo, o tamanho relativamente pequeno de Panthera permite que ele se esprema em locais onde os outros dois personagens não podem viajar. Os personagens podem reunir uma série de upgrades e armas únicas para ajudá-los em sua missão.