Amigo de longa data de Adol, Dogi deseja voltar para sua cidade natal de Redmont depois de ouvir sobre estranhos distúrbios que estão acontecendo lá. Sempre à procura de uma aventura, Adol se junta a ele e logo descobre a causa desse novo mal. Ys III rompe com o sistema de batalha "colidindo contra inimigos" dos dois primeiros jogos e permite que Adol controle sua espada em várias direções. Além de mudar o sistema de batalha, o jogo agora está rolando de lado, em vez da vista de cima para baixo dos jogos anteriores. Adol também agora tem a capacidade de pular. Não é novidade na série o uso de anéis mágicos que dão a Adol diferentes habilidades de poder, como cura e proteção. O jogo também usa vários itens-chave encontrados ao longo do caminho para resolver pequenos enigmas e progredir na história.nn