Depois de ser derrotada pelos Battletoads, a malvada Dark Queen foge para lugares distantes do universo e os sapos e seu mentor continuam a viver suas vidas. Entretanto, um dia os militares da Terra são neutralizados por uma grande nave espacial chamada Colossus que apareceu na lua. Aparentemente, a Dark Queen retornou com outro plano para dominar a galáxia e ela se aliou com os Shadow Warriors (da série Double Dragon) para suplementar as suas forças. Para igualar as forças, os Battletoads entram em contato com Billy e Jimmy Lee e pedem por sua ajuda. Os irmãos aceitam e os 5 imediatamente saem para o Colossus em uma missão para impedir essa dupla ameaça.