The Brawl Brothers são dois caras, que não são irmãos de verdade, chamados de Rick e Doug (ou Hack e Slash respectivamente), que dirigem uma escola de auto-defesa na Cidade de Bayside. Três dos melhores lutadores da escola também são personagens neste jogo: Lord J., um carateca e mestre do judô; Kazan, um ninja; e Wendy, uma lutadora de luta livre profissional. Você escolhe dois personagens para controlar, e Dieter, o psicótico malvado que possui um base aérea secreta fora da cidade, sequestra os outros três. Dieter deseja estes lutadores para que ele possa cloná-los e desenvolver seu próprio exército, e cabe a quaisquer que foram os dois personagens que você escolheu, lutar contra estes clones para alcançar e deter Dieter.