Um personagem sinistro chamado Oinker P. Hamm tenta construir o melhor museu do mundo. Seu projeto é chamado The Amazatorium e inclui a construção de uma máquina do tempo que recupera objetos do passado. Mas a verdade é que a máquina está sendo usada para roubar esses objetos, através do uso de portais Bubsy e companhia, depois de um incidente no carro, tropeçam (literalmente) com o museu. A curiosidade os leva a entrar, e logo Bubsy percebe que ele é deixado sozinho! Os outros foram perdidos entre os portais, e nosso herói deve realizar o trabalho de busca e salvamento dentro do museu.