O que começa como um dia despreocupado na Feira do Milenio para um jovem chamado Crono se transforma em sua derradeira aventura. Quando Crono conhece uma jovem chamada Marle, pouco ele percebe que esta jovem menina, a invenção de seu melhor amigo Lucca, e um misterioso pingente irá empurrá-lo para a viagem final através do tempo e espaço, encontrando novos amigos, derrotando as forças do mal e encontrando aquele que iria destruir o fluxo do tempo. Chrono Trigger é um jogo de role-playing, com a habitual tarifa mecânica de jogo para tal: o jogador assume o controle de um partido variavelmente grande, desenvolvendo as habilidades de combate de seus membros e gerenciar seus equipamentos. Como os personagens crescem no poder, não só as suas pontuações de capacidade aumentar, mas eles também aprender novos "Techs" - ataques poderosos especiais e manobras que lhes custam "Magic Points" para usar na batalha. O jogo utiliza o sistema de combate ATB (active time battle) da Final Fantasy games - uma espécie de mistura de combate em tempo real e baseado em turnos, adicionando ataques combinados. Além das técnicas normais, é possível usar Técnicas Duplas e Triplas ataques super poderosos que envolvem dois ou três personagens usando suas habilidades ao mesmo tempo. Não há batalhas aleatórias no jogo, uma vez que todos os inimigos são visíveis na tela e é até possível passar por eles completamente. O jogo permite enfrentar o seu adversário final em diferentes pontos do tempo, o que leva a vários finais diferentes. Há também uma opção New Game +, que permite que você carregue seus personagens poderosos para um novo jogo e adiciona ainda mais finais para os já existentes.