O jogo mostra a história de Jennifer Simpson, uma órfã de 14 anos que mora em um orfanato e é adotada junto com outras três garotas (Lotte, Laura, e Anne) por uma professora do orfanato chamada Mary Barrows, a qual é casada com um homem rico chamado Simon. Assim que são adotadas, Mary leva Jennifer e as outras para conhecer Simon que reside em uma mansão isolada do resto da cidade a qual tem uma grande torre com um relógio (por isso o titulo do jogo), a chamada "Mansão Barrows". Quando o grupo chega até a mansão, Mary deixa as garotas conversando em um hall da mansão enquanto saí para, supostamente, chamar o seu marido. Porém Mary demora muito, e Jennifer se oferece para procurá-la. Quando Jennifer saí do hall para procurar por Mary, ela ouve as outras gritando e ao retornar, elas desapareceram. O jogo então começa com Jennifer procurando Mary e suas amigas.