A história do jogo foca em um conflito entre o Império Gestahliano em sua conquista do mundo e os Revanchistas, uma facção que se rebela contra os ditadores. O Império adquiriu seu vasto exército através de experimentos com espers, que são semideuses lendários com poderes mágicos. Os Revanchistas procuram por poder mágico para lutar de igual contra o Império, e uma antiga soldada imperial amnésica, Terra Branford, mostra ser um elemento chave para ambos os lados para a compreensão da Magia e dos Espers.