Ambientado em 2090, a história de Front Mission gira em torno do oficial Royd Clive, da Oceania Community Union (OCU, em português, União da Comunidade da Oceania). Um esquadrão da OCU, liderado por Royd e Ryuji Sakata entra em um depósito especial de munição da USN (United States of the New Continent, ou Estados Unidos do Novo Continente), do distrito Larcus da ilha Huffman (Uma ilha fictícia do Pacífico, de tamanho semelhante a Oahu, "formada em 1995 a partir de atividade vulcânica, no leste do Oceano Pacífico, ao sul da costa oeste do México. A massa de terra era grande o suficiente para ser classificada como ilha em 2002, e toda autoridade e direito de propriedade foi concedida à USN. A noiva de Royd, Karen Meure, já havia infiltrado a ilha. Entretanto, a tranquilidade da missão é quebrada quando Meurei cai em emboscada de uma esquadra de Wanzers da USN, liderada pelo Capitão Driscoll. Isso ocorre nas premissas, e isto prepara a primeira missão do jogo, chamada "Larcus Incident" (Incidente Larcus). Depois que o jogador derrota a esquadra da USN, Driscoll escapa, mas não antes de detonar bombas, destruindo o complexo. A culpa do incidente é colocada em Sakata e Royd, que são dispensados da OCU Ground Defense Force (Força de Defesa Terrestre da OCU). O fiasco também rompeu o tratado de paz entre a USN e a OCU, causando a Segunda Guerra Huffman. Um ano depois, o Coronel Guri Olson, da OCU, procura Royd (que trabalha como lutador de Wanzer na cidade de Barinden) para trabalhar com a unidade mercenária Canyon Crows. Royd se junta a Olson pois vê a possibilidade de poder matar o oficial da USN responsável pela captura de Karen.