A história deste jogo é bastante simples. O personagem principal de nome Kid Ying terá que resolver algumas estranhas ocorrências que vão acontecendo durante o jogo e que começam por atingir a pacata cidade de Oedo. Para esta tarefa, Ying será auxiliado por Dr. Yang. Nesta aventura os dois personagens irão percorrer as várias regiões do Japão. The Legend of the Mystical Ninja é um jogo de ação com uma vertente RPG inserida. O jogo encontra-se dividido em duas partes, onde numa iremos navegar pela cidade e noutra teremos mais uma ação ao gênero side-scrolling. Durante a nossa estadia nas várias cidades, podemos navegá-las à vontade, bater em pedestres por dinheiro e equipar as personagens em lojas. Na vertente side-scroller iremos eliminar os inimigos que nos aparecem à frente e consequentemente eliminar os chefões.