Finalmente, Mega Man finalmente conseguiu derrotar o malvado Dr. Wily! Com esta derrota, Wily foi jogado na prisão, aparentemente para sempre. O mundo não estaria mais sujeito à sua loucura. Mas lembre-se, o Dr. Wily é louco, mas não é estúpido. Ele tinha um plano de reserva... e tudo o que ele tinha que fazer era esperar. Após seis meses passarem, em algum lugar do interior do laboratório abandonado de Wily, quatro cápsulas escondidas foram ativadas e abertas. Seu plano de apoio estava em ação: ele havia escondido quatro novos robôs, os quais o tirariam da prisão para que ele pudesse continuar seu reinado louco. Quando Mega Man ouve que Wily estava sendo tirado da prisão, ele corre para o local, apenas para encontrar um robô estranho que nunca tinha visto antes, chamado Bass. Esse personagem misterioso parece ser um vigilante justiceiro, mas quais segredos ele esconde? Mega Man terá de descobrir isso enquanto tenta impedir o mais novo plano de seu arqui-inimigo Wily.