O Dr. Wily, irritado por ter sido impedido mais uma vez, decide enviar seus robôs para o campo de futebol. Dr. Light imediatamente responde formando um time de futebol de Mega Mans para combater o último esquema do Dr. Wily. Mega Man Soccer é um jogo de futebol com personagens da série Mega Man. Os jogadores começam selecionando os modos Exibição, Torneio, Liga ou Campeonato Capcom. Dependendo do modo, uma equipe deve ser formada usando um tipo de robô ou uma mistura de diferentes tipos atribuídos a posições diferentes no campo. Em qualquer caso, cada time de futebol tem 8 jogadores em campo, incluindo o goleiro. O objetivo de cada equipe é balançar a rede do time adversário, ganhando pontos para ganhar o jogo. A ação segue a bola enquanto ela é lançada ao redor do campo de jogador para jogador. Uma vez que o membro da equipe de um jogador tenha a bola, ele pode optar por passá-lo para outro companheiro de equipe, atirar a bola para frente ou executar um chute de desobstrução (se o goleiro estiver no gol). Se o jogador não tiver a bola, recebe o controle do jogador mais próximo da bola e pode dar carrinhos ou empurrões de corpo para tentar ganhar a posse da bola. Cada tipo de robô tem um movimento especial que pode ser iniciado.