Sigma, o líder do exército Maverick, foi destruído quando ele subestimou seu oponente: um guerreiro solitário, despertado em um tempo que ele nunca soube ... X. 6 meses se passaram e X subiu para o posto de líder dos Maverick Hunters. Sua primeira tarefa foi eliminar o último dos Mavericks. Mas quando ele começou sua missão, um misterioso grupo de Reploids chamado X-Hunters apareceu com uma mensagem para X: os restos mortais de seu companheiro caído, Zero, estavam nas mãos dos X-Hunters, e eles planejavam ressuscitar Zero para lutar ao lado deles e por seu líder caído, Sigma. X deve agora parar os X-Hunters e resgatar Zero e, mais uma vez, impedir que a Sigma volte à sua potência máxima.