O Império Bydo esta de volta mais poderoso do que nunca e estão em direção a terra para um ataque devastador contra a humanidade,e somente uma nave poderá derrotar esse império que insiste em destruir o planeta terra, e essa nave se chama R-90 uma nave mais poderosa e com mais recursos e um deles são os 3 FORCES disponíveis no jogo que ao longo da sua jornada irão ajuda-lo a derrotar a ameaça Bydo que pretende destruir a terra.Além disso seu poder de fogo aumentou também, a R-90 agora tem uma segunda opção de poder de fogo chamado de HYPER, um poderoso tiro que ira devastar seus oponentes, mas quando usado sua nave superaquece e você ficara alguns segundos sem poder recarregar o tiro novamente, além disso também tem os power-ups que irão ajudar você a seguir sua jornada e os bit devices que o protegerão de tiros lançados pelos inimigos. Resumindo R-Type 3 é um jogo espetacular, com ótimos gráficos, e uma trilha sonora de arrebentar, além disso possui um grau de dificuldade crescente que adiciona um desafio maior ao jogador que em muitas vezes do jogo ira bater de frente com a telinha de continue. Para fechar com chave de ouro é um dos melhores games de navinha do SNES, junto com Gradius III, Super R-Type e Axelay.