Trials of Mana se passa no mesmo mundo dos dois jogos anteriores da franquia Seiken Densetsu (sendo o primeiro Final Fantasy Adventure, e o segundo que é conhecido como Secret of Mana). O poder misterioso de Mana é também o centro de todos os eventos em Trials of Mana. Anos se passaram, e todos os poderes destrutivos de Mana foram selados com segurança pelas Espadas de Mana em oito sementes, todas colocadas em oito reinos diferentes. Mas algumas pessoas sabem sobre esses poderes selados, e eles não querem libertá-los para a humanidade, mas sim para o seu próprio ganho - assim como o reino de Altena, que está congelando lentamente e que só pode ser salvo pelos poderes lendários. O jogo possui várias histórias conectadas entre si pelos seus acontecimentos em comum. No início do jogo, você pode escolher um grupo de três entre seis personagens diferentes que possuem diferentes classes: Duran o Guerreiro, Angela a Usuária de Magia, Lisa a Amazona, Carlie o Clérigo, Kevin o Pugilista e Hawk o Ladino. Cada um deles tem sua própria história e habita em uma terra diferente. Gradualmente, as conexões entre esses diferentes personagens tornam-se evidente, e as linhas de história aparentemente soltas são conectadas como um todo. Trials of Mana, como o jogo anterior da série, é um RPG de ação, com combate em tempo real.