A versão SNES do Shadowrun apareceu mais cedo do que a do Genesis, e é um jogo totalmente diferente, com história e jogabilidade diferentes, embora também seja baseado em um RPG de papel e caneta do mesmo nome. Seu herói, Jake, é atacado por assassinos e parece estar morto. No entanto, um misterioso cão se aproxima de seu corpo sem vida, se transforma em uma mulher e lança um feitiço sobre ele ... Depois disso, Jake acorda no necrotério. Ele não sabe o que aconteceu com ele, nem se lembra do próprio nome. Vagueando pela cidade futurista, onde monotrilhos, computadores e gangues de rua com armas automáticas coexistem com orcs, anões e vampiros, você começa a descobrir o mistério e a aprender sobre os perigos que o aguardam em cada esquina. Shadowrun para SNES é um RPG baseado em habilidade que usa combate em tempo real. Você pode contratar "deckers", I.e., membros temporários do grupo, mas o foco principal da jogabilidade está em Jake e suas habilidades e perícias. Não há batalhas aleatórias, mas muitas telas com inimigos que reaparecem, onde você pode ganhar pontos de experiência e melhorar suas habilidades. Os pontos de experiência são chamados de "karma" neste jogo. Você precisa ganhar karma para avançar em uma das várias habilidades disponíveis para você. Você também poderá comprar habilidades de pessoas. As habilidades incluem armas de fogo, computadores, negociação, liderança e muitas outras. Você também pode usar os pontos karma obtidos para atualizar as estatísticas básicas, como pontos de vida ou carisma.