Os eventos de Yoshi's Island acontecem no passado. Mario era um dos dois irmãos gêmeos que o malvado Magikoopa Kamek tentou sequestrar. Kamek sequestrou um dos irmãos, mas o segundo, Mario, caiu na ilha de Yoshi, onde Yoshis moram. Os Yoshis decidiram levar o bebê Mario e devolvê-lo para seus pais. Mas Kamek enviou tropas e hordas de monstros para parar os Yoshis e sequestrar Mario. No jogo, os jogadores controlam Yoshis de cores diferentes na maior parte do tempo. Mario é um bebê indefeso a menos que uma estrela que o torne invencível seja coletada. Como um Yoshi, os jogadores podem engolir inimigos para fazer ovos; esses ovos são usados ??para atacar outros inimigos e ativar interruptores. Yoshi pode fazer um salto para limpar grandes lacunas que um salto normal não pode. Os jogadores também podem bater no chão em busca de ataques e também mudar determinados interruptores. Além disso, Yoshis podem se transformar em veículos, como um helicóptero, um submarino ou um trem. Se Mario for retirado de um Yoshi, uma contagem regressiva começará, e o Yoshi deve pegar o bebê antes que os servos de Kamek o sequestrem. Quando Mario é invencível, ele não monta em Yoshi e é imune ao ataque. Enquanto invencível, Mario pode subir em certas paredes.