Shao Kahn venceu. O Earthrealm sucumbiu. A fim de reviver sua Rainha Sindel, o imperador Shao Kahn usou o torneio do Mortal Kombat realizado no Outworld como uma diversão, enquanto seus Sacerdotes Sombrios reviviam sua Rainha caída na Terra. Uma vez promulgada, a ponte dimensional entre os dois reinos se conecta, permitindo que os esquadrões de extermínio de Kahn invadam e destruam a Terra e escravizem as almas da população. Uma pequena equipe de "Guerreiros Escolhidos" por Raiden sobrevive ao ataque: o campeão do Mortal Kombat Liu Kang e seu aliado Kung Lao, os agentes das Forças Especiais Sonya Blade e Jax, o xamã Nightwolf, o policial Stryker, o nômade Kabal e o ex-guerreiro Lin Kuei Sub-Zero, que desertou de seu clã. Enfrentando os guerreiros estão o mercenário Kano, os cyber-ninjas Smoke, Sektor e Cyrax, Sheeva, uma mulher Shokan, o feiticeiro Shang Tsung e a própria rainha Sindel. Mortal Kombat 3 traz novos elementos para a série de luta 2D: arenas com vários níveis, combos conectados, um botão de "corrida" para acelerar as batalhas, e "Vs. Codes", que desbloqueiam novos poderes e habilidades, uma vez que ambos os jogadores entram em uma seqüência de código na tela antes de cada luta. Também estão incluídas mais stage fatalities e finalizações, como cada guerreiro tentando ir no mano-a-mano contra o executor Centauriano Motaro e o próprio Shao Kahn. Mortal Kombat 3 é o último jogo de luta tradicional na série a apresentar gráficos digitalizados capturados por movimento para seus kombatentes.